초,중등교육법 제32조의 규정에 따라 국,공립학교 학교운영위원회는 심의기구이며 사립학교 학교운영위원회는 필수적 자문기구이다. 그러나 초,중등교육법 제32조 제3항에 의해 국,공립 및 사립학교의 학교발전기금의 조성,운용 및 사용에 관한 사항에 대하여 심의,의결하도록 규정하였으며, 국,공립학교의 경우 초,중등교육법시행령 제60조,제61조에 의해 의결 기구적 성격이 강한 심의기구라 할 수 있다.
심의와 의결은 그 목적이 조직의 의사결정에 신중을 기하고 민주성을 확보하기 위한 것이라는데 공통점이 있으나 그 심의,의결결과가 가지는 효력 또는 구속력에 차이가 있다. 심의결과는 일반적으로 기관의 장을 구속하지 않는 반면 의결결과는 기관의 장을 구속한다. 그러나 법규에서 의사결정을 하기 전에 심의를 거치도록 되어 있다면 그 결과의 구속 여부와 무관하게 사전 심의 절차는 반드시 거쳐야 한다.
두 조직은 설치목적, 설치근거, 성격, 구성원 등에서 차이가 있다. 학교운영위원회는 학교운영에 필요한 정책 결정의 민주성, 합리성, 투명성을 제고하기 위한 심의기구로서 초,중등교육법 및 동법시행령에 근거하고 있는 법정 기구이며 학부모위원, 교원위원, 지역위원 등으로 구성된다. 학부모회는 학교교육활동을 위한 지원, 회원 상호간의 친목도모를 위한 학부모의 자율조직으로, 그 설치근거는 학부모회규약이다. 학부모들이 모여 학부모회 활동에 관한 사항을 의결하고 집행하는 의결,집행기구이다. 이처럼 설치목적과 성격면에서 근본적인 차이는 있으나, 학교의 교육목표의 달성을 위해 지원하고 노력하는 기구라는 점에서 학교운영위원회와 학부모회는 학교의 발전을 위해 서로 긴밀히 협력하는 자세를 가져야 한다.
구체적인 상호 관계는 개별학교의 자율에 달려 있다고 할 수 있다. 학부모회가 학교 운영위원회의 산하 단체로 되어 있는 경우라도 이는 학교운영위원회가 학부모회를 ‘지휘,감독' 한다는 것이 아니라 학부모회가 ‘학교운영영위원회를 통해' 학교운영에 참여할 수 있다는 의미이다. 만약 동일사안에 대하여 두 기구의 결의내용이 상충하게 되면 학교운영위원회의 심의 내용이 우선한다.
학부모회 회원과 학교운영위원회 위원은 겸임이 가능하며, 학부모회와 학교운영위원회 사이의 원활한 의사소통을 위해서 바람직하다. 다만, 학부모회규약이 정한 절차에 따라 선출된 회원이나 기존의 학부모회 임원을 학교운영위원회 당연직 학부모위원으로 하는 것은 위법이다. 법에서 학교운영위원회 위원의 민주적 선출절차를 규정하고 있기 때문이다.
교직원회의는 학교운영위원회의 공식기구로 할 수 없다. 왜냐하면, 교직원회의는 초,중,고등학교의 관행적인 교직원모임으로, 학교운영에 관한 사항에 대해 지시, 전달, 연수 및 논의를 하는 학교장의 임의적 ‘자문기구'이기 때문이다. 또한 교직원회의는 ‘교장'의 소속 직원에 대한 ‘감독권'에 의해 소집된다. 따라서 교원위원 또는 학교운영위원회가 교직원회의를 소집할 수는 없다. 교원위원이 학교운영위원회의 안건심의와 관련하여 교원들의 의견을 수렴할 목적으로 공식적인 교직원 회의를 소집하기 위해서는 학교장의 허가를 얻어야 한다.
학교의 집행기관은 학교장이므로 그 집행에 대한 법적 책임은 학교장에게 있다. 따라서 학교장은 학교운영위원회의 심의결과의 법적 적합성을 신중히 검토하여야 할 것이다. 일반적으로 학교장은 학교운영위원회의 심의결과 검토 시에 심의결과의 전제사항 중 ‘가치판단에 관한 부분'은 최대한 존중하여 집행하여야 한다. 그러나 사실판단에 관한 부분에 있어서는 새로운 정보나 상급관청의 지침에 의하여 심의 당시와 상황변화가 있을 경우, 기관장으로서 책임 있는 판단을 하여 물의를 사전에 예방하여야 한다.